O matrix usa um fork do protocolo Sinal. A diferença mais importante é que no protocolo Sinal cada dispositivo recebe um par de chave de criptografia, enquanto no fork eles fizeram uma alteração pra que cada conta tenha um par de chave de criptografia, mesmo que muitos dispositivos estejam associados a essa conta

Além disso, o pessoal do Matrix está trabalhando junto ao Meta pra conseguir fazer essa integração

Eu não gosto muito de como esses Bridges atuais funcionam não, principalmente no whatsapp. Eles literalmente fazem um scrape do whatsapp web. Só que esse processo gera vulnerabilidades, afinal acessando as mensagens em raw text